Centrum Myśli Jana Pawła II wspiera współpracę m.st. Warszawy z organizacjami wyznaniowymi różnych religii i denominacji. Co roku organizujemy spotkanie przedstawicieli mniejszości religijnych z Prezydentem m.st. Warszawy. W ramach tych spotkań podejmowane są wieloreligijne inicjatywy, takie jak apel o wsparcie dla potrzebujących i miejska zbiórka przeprowadzona w roku 2021. Wspieramy także Gabinet Prezydenta m.st. Warszawy w codziennych relacjach z mniejszościami wyznaniowymi.
W 2022 roku wspólnie z m.st. Warszawa opublikowaliśmy informator o mniejszościach religijnych: „Warszawa wielu wyznań”. Informator ma na celu przybliżenie nie tylko urzędnikom, lecz także lekarzom w miejskich szpitalach oraz mieszkańcom, zwyczajów mniejszości wyznaniowych, ich kultury, świąt, regulacji wyznaniowych i prawnych. Działania Centrum Myśli Jana Pawła II mają na celu wzmocnienie integracji oraz pokazanie potencjału, jaki posiadają mieszkańcy stolicy z różnym zapleczem kulturowym i religijnym.
