Głównym celem szóstej pielgrzymki (5-17 czerwca 1999) było przygotowanie Polaków do Wielkiego Jubileuszu Zbawienia – w homiliach i przemówieniach Papież wzywał do odnowy życia chrześcijańskiego i pogłębionego świadectwa wiary. Wizyta Ojca Świętego zamykała też obchody tysiąclecia kanonizacji św. Wojciecha oraz ustanowienia hierarchii Kościoła w Polsce.

Do najważniejszych wydarzeń pielgrzymki należało spotkanie Ojca Świętego z parlamentem w obecności prezydenta, premiera i rządu, przy udziale korpusu dyplomatycznego oraz przedstawicieli Kościołów i wspólnot wyznaniowych w Polsce. Przemawiając po raz pierwszy w historii w parlamencie narodowym, Ojciec Święty przestrzegał przed nadużywaniem władzy i korupcją, która "jest zagrożeniem dla demokracji".

W przesłaniu do parlamentarzystów Papież zaznaczył, że polityka nie może polegać na szukaniu własnych korzyści, a pamięć o moralnych przesłaniach "Solidarności" powinna wpływać w większym stopniu na polskie życie publiczne. Podkreślił, że spotkanie w parlamencie byłoby niemożliwe bez sprzeciwu polskich robotników na Wybrzeżu w sierpniu 1980 r. i bez Solidarności, która wybrała drogę pokojowej walki o prawa człowieka i całego narodu.

Nieprzyjemny incydent miał miejsce podczas spotkania z przywódcami Kościołów i wspólnot wyznaniowych. Naczelny rabin Polski Menachem Pinkas Joskowicz zwrócił się do "pana Papieża" – jak uparcie tytułuje Ojca Świętego – o usunięcie ze żwirowiska w Oświęcimiu "tego ostatniego krzyża".

W homilii wygłoszonej w Warszawie Jan Paweł II zachęcał do życia w świętości, tzn. do życia w zgodzie ze swoim sumieniem. Wskazywał, że świętość nie jest przeżytkiem, reliktem przeszłości, ale obowiązkiem i możliwością życia dla każdego chrześcijanina. Podkreślał, że świat potrzebuje świętości nie tylko w życiu osobistym, ale także w życiu społecznym, politycznym i gospodarczym.

Ta podróż papieska zaowocowała licznymi wyniesieniami na ołtarze. Ojciec Święty dokonał w Warszawie beatyfikacji Edmunda Bojanowskiego i Reginy Protmann oraz 108 męczenników z czasów II wojny światowej.

Po 20 latach Ojciec Święty powtórzył znamienne słowa, które wypowiedział w tym samym miejscu podczas swojej pierwszej podróży do Polski: "Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi. Tej ziemi". Tym razem dodał: "Jakże dziś nie dziękować Bogu w Trójcy jedynemu za to wszystko, co na przestrzeni ostatnich 20 lat odczytujemy jako Jego odpowiedź na tamto wołanie". We Mszy na placu Piłsudskiego uczestniczył milionowy tłum.

11-13 czerwca 1999, Warszawa