Centrum Myśli Jana Pawła II zainaugurowało swoją działalność 1 kwietnia 2006 r. konferencją pt. "Naucz nas być wolnymi". W spotkaniu, które odbyło się w Pałacu Kultury i Nauki w Warszawie, wzięło udział około 250 osób, w tym 150 laureatów Stypendium im. Jana Pawła II.
Podczas konferencji prelekcje wygłosili: ks. prof. Waldemar Chrostowski "Wolność i odpowiedzialność – wyzwania Westerplatte", prof. Jacek Salij OP "Warszawo, chroń pamięć swoich męczenników!", prof. Wojciech Chudy "Imię, czy imiona miłości", dr hab. Krzysztof Koseła "Młodzi o Papieżu" oraz Maciej Zięba OP "Epoka Jana Pawła II".
Na zakończenie prof. Teresa Malecka, prof. Janusz Rieger oraz prof. Andrzej Zieliński wygłosili prelekcje na temat duszpasterstwa ks. Karola Wojtyły zwanego "Środowiskiem".
