Na księgozbiór biblioteki składają się książki i czasopisma publikowane zarówno w języku polskim, jak i zbiory obcojęzyczne poświęcone osobie Jana Pawła II, prezentujące jego nauczanie oraz dokumentujące przebieg jego pontyfikatu. Zbiory biblioteki są gromadzone z myślą o wszystkich tych, którzy chcieliby pogłębić znajomość osoby oraz nauczania Jana Pawła II.

Księgozbiór Biblioteki Centrum Myśli Jana Pała II liczy obecnie ponad 3 000 egzemplarzy. Planowana jest systematyczna jego rozbudowa. Gromadzona będzie bieżąca oferta wydawnicza, a także uzupełniany zbiór książek wydanych w latach wcześniejszych, a dzisiaj dostępnych wyłącznie na rynku antykwarycznym. Centrum Myśli Jana Pawła II chce stworzyć możliwie kompletny zbiór publikacji poświęconych tematyce papieskiej, które powinny zaspokoić oczekiwania zarówno czytelnika poszukującego podstawowej wiedzy, jak i tych, którzy chcieliby dotrzeć do jakiś szczegółowych informacji dotyczących życia i nauczania Jana Pawła II.

W zbiorach Biblioteki Centrum znajdują się najważniejsze teksty Papieża Polaka (encykliki, adhortacje, przemówienia i homilie z pielgrzymek do Polski, utwory poetyckie i dzieła literackie Karola Wojtyły) i książki o Janie Pawle II.

Księgozbiór Biblioteki to:

• antykwaryczne i unikatowe polskojęzyczne książki, wydawane od 1978 roku,

• wydawnictwa ciągłe i okolicznościowe, poświęcone Janowi Pawłowi II,

• zagraniczne pozycje w języku angielskim, francuskim, niemieckim, włoskim, hiszpańskim i innych językach (np. Totus Tuus. Pope John Paul II In Philippines; Juan Pablo II en Bolivia. Visita Pastoral 9-14 mayo 1988; The journey through Australia – John Paul II; Mensayes del Santo Padle Juan Pablo II. En su tercera visita ala Rep. Dominikana; Jean Paul II en France; Der Past In Deutschland),

• kilkadziesiąt płyt CD oraz kaset VHS z papieskimi nagraniami,

• ponad 3000 pozycji książkowych, wciąż powiększająca się liczba zbiorów.